安徽中医学院创建于1959年，2000年省政府批准省医药学校并入我校。2005年学校在国家教育部本科教学工作水平评估中取得良好成绩，2006年在安徽省大学生思想政治教育工作评估中获得优秀成绩。学校是国家中医临床研究基地建设单位、是国家新增博士学位授权立项建设单位、是国家中医药对外交流与合作基地、硕士研究生免试推荐单位，是安徽省第七、八届文明单位。

学校占地总面积328亩，分东、西两个校区。现有在校本专科生近9000人；硕士生500余人；留学生（台湾学生）77人；成教生2333人。学校现有教职工2209人（含两所附院），具有教授等高级职称者139人，副教授等副高职称者313人，讲席教授2人，博士生导师10人，硕士生导师148人，享受政府津贴27人，博士80人。有来自国内外的30名知名专家学者担任我校客座教授。建立了新安医学省级科技创新团队，现代中药研发产业创新团队进入省首批“115”产业创新团队。

现有硕士点18个；博士生联合培养基地5个；本科专业（方向）26个。有11个二级教学院部；2所直属附院；3所非直属附院；10个中医药研究所。有3个国家教育部高等学校特色专业（中医学、中药学、针灸推拿学）、1个国家中医药管理局重点建设学科（中医内科）、1个省级重中之重学科，7个省级重点建设学科、9个国家中医药管理局重点建设专科、5个省级重点专科、9个省级重点实验室及工程研究中心、4个省级教改示范专业、3个省级基础课实验教学示范中心、6门省级重点课程、14门省级精品课程。

学校具有较强的科研实力和水平，积极开展产学研合作，目前已与黄山市、亳州市、宁国市、绩溪县等建立了良好合作关系。“十五”以来，学校共承担各级各类项目及横向合作研究项目600余项，科研经费5000余万元，获研究成果200余项。《安徽中医学院学报》为中国科技核心期刊和多个大型数据库统计源期刊。

学校与美国、加拿大、丹麦、澳大利亚等16个国家和地区的30多个医疗和教育机构建立了友好合作关系。1995年，学校获准招收国外留学生，2001年，开始招收硕士学位国外留学生。2002—2008年共选拔了84名学生赴韩国、瑞典留学。

目前，学校秉承安徽“北华佗、南新安”的医学传统，已经形成“弘扬新安医学，培育中医人才”的办学特色。在中医药学科建设、中医药人才培养、中医药对外交流、中医药产业开发与利用等方面形成了独特的优势。